女性生殖器官发育异常通常包括先天性无阴道、处女膜闭锁等等。
处女膜闭锁是因尿生殖窦的阴道牙状突起处未被贯通所致，在青春期后会因经血据留有周期性腹痛现象，检查第二性征发育正常，可见阴道口处无孔的处女膜，如有经血拥留而量较多时，无孔的处女膜明显突出且带淡蓝色，上方为扩张的阴道形成的囊性肿物。先天性无阴道为副中肾管尾端发有停滞而未向下延伸所致，常伴有子宫发育不全或未发育。如属前者病人青春期后会有经血油留周期性下腹痛，可发现经血拥留致增大的子宫，而后者检查无明道，在盆腔子宫位置未能触及子宫。如副中肾管仅末端发育停滞，阴道上段正常，仅下段闭锁。
处女膜闭锁及先天性无阴道多因原发性闭经就诊发现，但由于一些地区经济文化较落后，也有的在婚后性交困难格求医。处女膜闭锁简单的作“X”形切开术便可解决。先天性无阴道则应视病人的不同情况选择不同的术式处理。
阴道横隔系位于阴道上 1／3与下 2／3的交界处，由于横隔的存在致外段变浅，也会影响性交的正常进行。应施阴道横隔切开术，切开足够二指多插入的宽度，剪去多余粘膜，术中宜将切口粘膜上下沿间断缝合覆盖创面，术后随访，必要时放置阴道模型扩张明道，谨防切口部形成环状疤痕狭窄或组织粘连闭锁。