女生殖器官异常是导致不孕的一个重要因素。它包括外阴发育异常、阴道发育异常、输卵管、子宫及性腺发育异常等几个方面。
输卵管异常少见，常见的外阴异常有处女膜闭锁、处女膜强直。
阴道发育异常有先天性无阴道、阴道斜隔、阴道纵隔、阴道横隔。
子宫发育异常有先天性无子宫、始基子宫、残角子宫、双角子宫、双子宫等等。
性腺发育异常有先天性卵巢发育不全、先天性肾上腺皮质增生（即最常见的女性假两性畸形）等等。处女膜闭锁及阴道斜隔、横隔、纵隔阻碍及影响正常性生活并阻止或妨碍精子进入阴道使精子与卵子不能结合。始基子宫无内膜受精卵不能着床而有内膜的残角子宫一旦受孕至16—20周往往破裂发生严重的内出血，危及生命。双角子宫、双子宫常伴有肌层发育不良易导至流产、难产。性腺发育异常多表现为性幼稚影响生育。
大部分的阴道畸形可以通过手术改善性生活并且利于受孕。幼稚子宫、子宫发育不良可以试用内分泌治疗，对于那些子宫畸形导致反复流产、早产者可以行矫形手术。某些性发育异常也可以通过激素进行治疗。进入青春期无月经来潮或无第二性征应警惕子宫、性腺发育异常。进入青春期无月经来潮伴有周期性腹痛应考虑处女膜或者阴道畸形等。因此，我们提倡自觉进行婚前检查，有不孕、不良妊娠史者应及时就诊，有利于得到及时治疗，同时对于一些性腺发育异常者进行优生指导，利于提高人口素质。
