烹调酱油一般分为风味型和保健型两种。前者如麦香酱油、老酱油、北京生抽王酱油等;后者则有无盐酱油(不含钠，但有一定咸味，适合肾病患者食用)、铁强化酱油、加碘酱油等。这几种酱油在生产、贮存、运输和销售等过程中，因卫生条件不良而造成污染在所难免，甚至会混入肠道传染病致病菌。而它们在检测时，对微生物指标的要求又比较低，所以，一瓶合格的酱油中带有少量细菌，也不是什么新鲜事。
有实验表明，痢疾杆菌可在酱油中生存2天，副伤寒杆菌、沙门氏菌、致病性大肠杆菌能生存23天，伤寒杆菌可生存29天。还有研究发现，酱油中有一种嗜盐菌，一般能存活47天。
人一旦吃了含有嗜盐菌的酱油，可能出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，严重者还会脱水、休克，甚至危及生命。虽然这种情况比较少见，但为了安全着想，酱油最好还是熟吃，加热后一般都能将这些细菌杀死。
如果想做凉拌菜，最好选择佐餐酱油。这种酱油微生物指标比烹调酱油要求严格。国家标准规定，用于佐餐凉拌的酱油每毫升检出的菌落总数不能大于3万个，即使生吃，也不会危害健康。
尽管酱油的价值很高，含有多达17种氨基酸，还有各种B族维生素和一定量的钙、磷、铁等，但它的含盐量较高，平时最好不要多吃。酱油的含盐量高达18%—20%，即5毫升酱油里大约有1克盐，除了调味以外，主要是为了防止酱油腐败变质而添加的。患有高血压、肾病、妊娠水肿、肝硬化腹水、心功能衰竭等疾病的人，平时更应该小心食用，否则会导致病情恶化。
临床中经常有人询问，皮肤受伤后吃酱油会不会让伤口变黑，留下疤痕?其实，这种担心完全没必要。皮肤是否会留下疤痕，主要取决于损伤的深浅度、细菌感染程度、个体差异等因素。酱油的主要成分是谷氨酸，与组织修复没有直接关系。其中的色素是食用色素，摄入体内后也不会被输送到皮肤。因此，受伤或做过整容手术的人，不必忌食酱油。
