蒙族医药的历史也是有很多值得借鉴的地方，而在元朝的辉煌之后，其医药体系也发展到了一个前所未有的高度，从现代的角度来看蒙医是有着自己独树一帜的蒙族医药学的理论体系。
蒙药的内容主要包括：五元、六味、药力、药性、药物功能。
五元蒙药学以古代朴素的五元（土、水、火、气、空）为理论基础。认为植物发育生长与“五元”有密切的关系。土是植物的基础,是植物吸养之源,生命之根本。水是植物所需养料的溶媒，也是植物体内运化因子，有滋润营养植物、促进其生长的作用。火在植物内为能量、
动力因子；外界的阳光、温度，使植物生长成熟。气在植物内为生化因子，气具有养育植物、促其生长的作用。空在植物内为间隙因子,是物质形成管腔孔道之因素,外界是一切物体所存在的空间。
六味药物有不同的味道，这些味道，是五元在药物形成的过程中，经过复杂作用而造就的，概括起来可分为甘、酸、咸、苦、辛、涩六种。甘味，在五元中以土、水含量为主，其他元素为辅。酸味，在五元中以火、土含量为主，其他元素为辅。咸味，在五元中以水、火含量为主，其他元素为辅。苦味，在五元中以水、气含量为主，其他元素为辅。辛味，在五元中以火、气含量为主，其他元素为辅。涩味，在五元中以土、气含量为主，其他元素为辅。除单一味道外，还有两种以上的味结合而产生的“中性味”，以及由于味的转化、相互作用而产生的苦中苦、甘中甘等结合成复杂的“复合味”，尽管变化复杂，仍可归纳于基本六味的范畴之内。
药力药物品种虽然繁多，但不外寒热两性，即阴性和阳性两大类型。热性药物多生于热处及向阳处，获得了充足的阳光，阳性药物药力充沛，才有完备的热性药力，有升阳、消食、祛风寒、除痰湿的作用。应用过量则引起头晕、头痛、发烧、烦渴等症状。寒性药物多生于寒处及阴凉处，获得充足的月辉，阴性药物药力充沛,才有完备的寒性药力,有镇静安神、健身泽肤、祛瘀、降火的作用。应用过量则引起胃阳衰弱、抽搐等。再据药物寒热两性的程度差异，阴阳二性又分为中间型、复合型等，并有热中热、寒中寒、寒、热、温、凉等进一步的区别。治疗阴性病（寒性疾患），则用阳性药（温热药）；活疗阳性病（热性疾患），则用阴性药（寒凉药）。这是一般准则。
药性药物的性能或药理作用。蒙医用药的基本原则就是利用蒙药的性能调整机体内部的“赫依”、“希拉”、“巴达干”的偏盛偏衰。若三者保持平衡和协调，就健康无病；如果三者失去平衡,便会产生各种病变,甚或导致死亡。古人在临床用药中，将药物性能总结为重、脂、寒、钝、轻、涩、热、锐等八种。其中，重、脂二性克制“赫依”病证,寒、钝二性克制“希拉”病证,轻、涩、热、锐四性克制“巴达干”(痰、寒、湿)病证。再者，轻、涩、寒三性生“赫依”（风）；热、锐、脂三性生“希拉”(火)；重、脂、寒、钝四性生“巴达干”（寒）。
药物功能有柔、重、温、脂、固、寒、钝、凉、和、稀、燥、淡、热、轻、锐、涩、动等17种。
蒙医根据药物的寒热两性,派生出8种药物性能，最后又发展成为药物的17种功能。在临床实践中运用这17种药物功能去克制疾病的20种基本性质。