引起偏颌畸形原因比较复杂，目前仍没有统一肯定的认识，但总归起来可分为先天、获得性两大类。在先天性因素中，由于胚胎发育障碍造成一侧颅颌面骨骼三维空间发育不足，双侧发育不平衡，颌骨偏心性生长，从而导致偏颌畸形的发生并继发相邻结构形态的改变。在后天发病因素中可由创伤、感染、良性增生、骨、软组织肿瘤压迫等原因引起，在这些因素中，创伤最为常见，儿童时期颏部的创伤，造成发育期的髁颈骨折，可影响髁状突的发育中心造成偏颌畸形的发生。
婴时期血源性全身感染（败血症，脓毒血症），上下颌骨骨髓炎等造成骨发育障碍或单侧关节强直也可引起下颌偏斜。其他如髁状突良性增生肥大，髁突软骨瘤，周围软组织压迫等。