人们对阴蒂的了解正不断深入，女性阴蒂的大小、形态和位置的个体差异很大，有的只有一丁点儿大，有的却因长期过量服用雄激素或体内雄激素分泌过多而造成异常肥大；有的还分成两半，只是在根部相连。由于它所处的部位隐蔽又往往涉及性疾患，因此有了异常也羞于启齿和求治，患者往往默默忍受着心理上和肉体上的难言的痛苦。所以，阴蒂病变在性问题中是一个很值得注意的课题，凡是能影响身体其他器官系统的所有病理过程也同样会影响到阴蒂。这些病理改变包括感染、肿瘤、炎症、萎缩、瘢痕等，下面择临床常见者予以简要介绍，以期引起人们的重视。
一、阴蒂疼痛
阴蒂纤小而娇嫩，平时多有阴蒂包皮遮盖，其附近无润滑液分泌，所以触摸的手法不当造成疼痛并不奇怪；在性高潮之际或之后阴蒂头将像阴茎龟头那样变得过分敏感，再触摸它无疑会引起疼痛，上述两种情况均属于正常的生理现象，并非病理性改变。这里所要讨论的是病理性阴蒂疼痛。
感染引起的阴蒂疼痛最常见，如生殖器疱疹波及阴蒂附近时即可致痛；外阴阴道炎也是常见的导致阴蒂疼痛的病因如淋菌性阴道炎、霉菌性阴道炎、滴虫性阴道炎等涉及整个外阴时往往造成阴蒂疼痛。其他如前庭大腺脓肿、尖锐湿疣等均可反射性或连带性引起性交时或抚摸时的阴蒂疼痛。
各种局部刺激是造成阴蒂疼痛的另一重要原因，如糖尿病常可引起外阴搔痒，奇痒难忍，最后常伴有霉菌、滴虫及其他继发感染而使疼痛加重。其他全身性疾病如黄疽、白血病、贫血等也可伴有外阴搔痒，仔细问诊和检查，不难发现原发疾病。股癣、疥疮、阴虱病、寄生虫卵等也是外阴搔痒的常见原因。常穿尼龙化纤内裤或牛仔健美裤的女性往往紧裹臀裆，造成透气性极差，并导致外阴的理化因素的过度刺激造成外阴搔痒。洗涤过度或过量使用香水等化妆品也是不良刺激，均可最终引起阴蒂疼痛。
神经炎有时也可影响到阴蒂，最常见于糖尿病所致的神经炎。使用小剂量酚噻嗪可能使症状得到一定程度的缓解。如果女性不习惯于清洗外阴，特别是不清洗阴蒂及其包皮的话，包皮内可积有阴蒂垢或小结石，就像砂子迷眼一样造成性交时的异样疼痛感，伴发阴蒂垢、阴蒂炎时，阴蒂充血水肿并突起，直接影响性生活的进行，这时病人应保持外阴的经常清洁，防止积垢的形成。如果因感染而形成阴蒂包皮的粘连时，将会造成长期持续的疼痛。
二、阴蒂包皮过长
有些妇女的阴蒂包皮过长以致把阴蒂头完全遮盖起来了，包皮上还布满皱褶；有的妇女包皮很短，其上很少有皱褶。当包皮过长时女性在性活动中得不到充分的性刺激，从而易致性欲低下或性高潮障碍或两者兼具。
国外针对女性阴蒂包皮过长的问题开展了阴蒂包皮环切术，使平时不见天日的阴蒂暴露出来，这种手术在国外曾引起医务界和社会各界的广泛关注，据信可以给包皮过长的无高潮妇女带来奇迹般的效果。其具体方法是分离包紧阴蒂头的过长的包皮，或用钝而短粗的探针将包膜刺破，这样就不必再行环切术了。但其远期临床效果如何尚待探讨，而且它仅适于包皮过长者，对于非包皮过长的无高潮妇女则无意义。
三、阴蒂肿瘤
阴蒂和阴蒂包皮均可出现外阴癌，其病因不明，但多伴有先驱病症如白斑、尖锐湿疣、外阴搔痒、慢性炎症等。癌症也可由其他原发部位转移而来。早期可见小硬块，可自行溃破或抓破，溃疡形成后常有出血与感染，伴有疼痛，唯其发病率并不高。
阴蒂肥大多与雄激素含量过高有关，一般不需处理，停药或治疗原发病症后可缓解，通常不会造成疼痛或不适，仅其外观略受影响而已。
四、阴蒂不敏感或超敏感
有些妇女的阴蒂极不敏感，对刺激缺乏应有的反应，多国神经受损所致，如糖尿病、多发性硬化、酒精中毒、维生素缺乏、外伤等造成神经损伤和麻痹，也有的是长期依赖振荡器造成刺激阈值的过度增高，丧失了性敏感度，还有些是心理因素所致。可以劝说病人寻找其他性敏感点和新的刺激方式。有些妇女的阴蒂特别敏感，拒绝任何触摸和接触，那就需要采取系统脱敏疗法来突破这一心理障碍。
五、阴蒂变形或错位
由于外伤阴蒂可以断裂、变形或错位，它显然可以影响到阴蒂的感觉和感受，但它又不像阴茎损伤会使男子性功能受到破坏那么严重。外伤多因跌坐在硬物上所致。