螺旋藻是一种良好的天然的营养保健食品，但并非包治百病的良药。因此在遇到过分夸大的虚假广告时，消费者还应警醒。还有有一部分人的皮肤会对螺旋藻过敏，其它地方会出现类似红疹的皮肤病。
螺旋藻服用后会有一些不良反应：有些人开始食用螺旋藻，经过数日之后，可能会有拉肚子(一天数次软便)、出气多、发晕、倦感、白天嗜睡等现象发生，就惊惶“是否发生了副作用”，其实这绝对不是副作用，而是属于正常的“好转反应”(又称为“回忆反应”，中医学称为“瞑眩反应”)。
1、螺旋藻对身体有强效排毒功能。
食用后将体内产生的毒素、老废物或异物由粪尿或皮肤排出体外，因此排尿量会增加，大便也会变成水状，也有从皮肤排毒等状况，皆因人体内潜藏之代谢废物量而异。
2、螺旋藻对人体器官的修复作用。
螺旋藻使过去正在休息或功能衰退的的器官再次恢复机能(例如肠开始动作而剥离、收缩，便会带来腹痛);螺旋藻将体内的毒素移动而发生的疼痛(如风湿病痛、湿疹等的一时性增加)。
好转反应通常在3-7天左右，但因个人服用量、生活习惯、年龄、病症、体质、健康状况不同而有所差异。身体状况较差的人，有时好转反应不会全部发生，而是逐渐地在不同部位发生，这也是身体状况相当不好的证据。例如∶为了改善头痛而食用了螺旋藻，结果首先因头痛而担忧，不久发生腹痛，这表示肠内也有潜伏的毛病。
