咖啡含有咖啡因，进入体内后会促使交感神经兴奋，因而消除睡意、改善血液循环，身体也感觉暖和起来，不觉得疲劳，所以有“提神”效果。但是交感神经受到刺激、兴奋，对食欲却有负面作用，亦即食欲会减低，因此在餐前喝咖啡会不想吃东西。另外，由于胃部受到刺激而胃液分泌增加，刺激空胃，对胃溃疡等患者不利。这可以说是咖啡的负面作用。但是在餐后饮用，则因为胃液分泌会增加，所以对消化有帮助。因此在餐后饮用就绝对没有问题。
另外，有人认为加点牛奶饮用可以缓和其刺激作用，但是少量牛奶到底能发生多少中和咖啡因的作用，除非是一半牛奶一半咖啡，调成咖啡牛奶或牛奶咖啡，或许有点效果。譬如早餐时喝的咖啡牛奶，由于牛奶比咖啡多，虽然空胃饮用，仍有缓和胃液的作用。最理想的是吃过饭后再喝，那就有益而无害了。
喝咖啡不讲究时间有害健康，由于过敏系副交感神经兴奋而引起气喘或过敏性鼻炎，如果能促使交感神经兴奋，抑制副交感神经，就有助于防止发作。尤其严重的过敏症患者，一些轻微的诱因即可引起身体不适，加上心理上对过敏的恐惧，往往一发不可收拾。
所以建议利用咖啡因的长处，在过敏症、气喘即将要发作时(患者自己感觉得到)预先喝杯咖啡，颇有预防作用。这除了咖啡因的兴奋功效外，患者心理上有“已经喝了咖啡”的安全感，也比较不会发作。当然，所谓“过犹不及”，再好的东西，也要“适可而止”。
喝咖啡不讲究时间有害健康，否则不管餐前餐后饮用，过量咖啡因都会发生心悸亢进(心脏跳得很厉害)，甚至精神恍惚、走路重心不稳等副作用。小心!过量饮用咖啡因饮料易患肾结石原则上，咖啡以一天二至三杯为宜，如喝到四、五杯，大部分的人即会感觉恶心，所以要小心。原则上，不管那一种刺激性饮料均以每天不超过三杯为佳。
