阴阳学说是中国古代先哲思维活动中最富哲学味道的理论构想，著名的科学史家李约瑟称此为“古代中国人能够构想的最终原理”[1]。几乎所有研究古代文化思想、哲学、科学史的学者都承认，阴阳学说对于中国传统医学的发展具有极为重要的促进作用，并在古代医学领域中获得了充分的运用与一定的发展。然而先秦以“阴阳”之名立身的“阴阳家学”与医学理论中之“阴阳学说”是否一致呢？以下所述，可谓对此的略说。其要在于，阴阳家学渗入医学后，使得医学理论出现了一个由秉承阴阳家学之主旨——以阴阳消息、循环言说顺逆常变，到强调阴阳对立、平衡的转变。所谓阴阳学说自身的发展与进步，也恰是在这个过程中逐步实现的。
一、阴阳家及其学说旨要
阴阳与五行、气等学说相互结合，构成了中国古代的哲学思想体系，这些观念也是中国传统科学思想的基本要素。有关这些观念的起源、发展及具体运用，历来就是研究中国古代哲学史、思想史、科学史者所关注的焦点。阴阳与五行，在早期各自为说，因而在研究早期文化思想时必须分而论之。就对医学发展的影响而言，阴阳学说要早于五行说。在先秦遗存的医学史料中，几乎看不到五行学说的深刻影响，而阴阳之说在解释疾病生成、人体生理等方面则已得到某种程度的运用。
以“阴阳”为说，起源甚早[2]。汉人总结先秦学术之源流，称其为“阴阳家”：
阴阳家者流，盖出于羲和之官，敬顺昊天，历象日月星辰，敬授民时，此其所长也。及拘者为之，则牵于禁忌，泥于小数，舍人事而任鬼神。[3]
其中谈到“阴阳家”之学的两种表现形式，似乎等同于天文历法，没有任何哲学色彩。这是由于阴阳学说的哲学含义并非形成于一日；而且当其具有了一定的哲学含义时，也往往是隐含在天人关系的论说之中。然而阴阳学说中虽然包含有天文星历等内容，但这只是表面现象，其目的并不在观象、授时、制历，而是要通过这些现象来说明阴阳变化的规律，以及顺乎阴阳的重要：“四时、八位、十二度、二十四节各有教令，顺之者昌，逆之者不死则亡。”由于阴阳观念最初即建立在阳光之有无、向日或背日这些直接作用于人类感官之上的自然变化，因此“四时”的变化受到了格外的强调：“序四时之大顺，不可失也。”所谓四时之序，即春生、夏荣、秋收、冬藏，阴阳家强调这是“天道之大经也，弗顺则无以为天下纲纪”[4]。这一原则不仅适用于天地间有生之物“生、长、化、收、藏”的自然变化和人为的农牧生产活动，而且被类比于政治、人事。这就是阴阳家学的基本内容。需要注意的是，力倡顺应“四时”、“阴阳”变化之序的阴阳家之学，其思维模式的要点在于阴阳交替、轮转的循环，而不在对立。其阴阳消长的实质，不是此消彼长，而是阴、阳各自在一定时限内的自身消长。即春夏为“阳生至盛极”的阶段；秋冬为“阴生至盛极”的阶段。在这两个阶段中，阴或阳分别经历了由初生到盛极而衰的过程：“阳至而阴，阴至而阳”；“因阴阳之恒，顺天地之常”[5]。《吕氏春秋》中以“圜道”为题，列举了日夜一周；月躔二十八宿；精行四时；物动则萌—生—长—大—成—衰—杀—藏；云气西行，水泉东流，日夜不休，上不竭，下不满等等现象来说明“天地车轮，终而复始，极则复反”的循环规律。与阴阳家顺应四时阴阳的思维方式乃属一脉。因此，在“气”分阴阳，阴阳又复分太、少（太阴、太阳、少阴、少阳），分属四时的理论体系中，所要强调的并不是一分为二、阴阳对立。
如果舍弃四时、昼夜循环轮转的时间因素，那么阴阳相互对立的属性就自然而然地显露出来了。例如山南、水北为阳，山北、水南为阴；日为阳，月为阴；昼为阳、夜为阴；天为阳、地为阴，乃至男女、水火、风雨、雌雄等等，无不视为对立之两面。具有哲学内涵的阴阳学说正是沿着这样一种思维方式逐渐发展起来。这种观念对于医学理论发展的影响，在早期远不如讲究顺应“四时之序”的阴阳家学大，但逐渐成为主流——在医学理论中的作用，远大于“四时之序”的阴阳循环观念。如此，大致可以看清阴阳、五行两种学说在先秦与两汉时期出现过一个有趣的变化：阴阳家学原本以循环观念为主，而当阴阳对立的属性逐渐受到重视与阐发后，其循环的思想反不太受重视，往往被研究者所忽略；而五行学说因相生、相克之说的盛行，反而被看成是循环观念的典型表现，忽略了五行原本才是分“类”、定“性”的最初表现形式。
关于阴阳观念的发展，还有一点需加注意：即早期的阴阳概念并不是万物属性的抽象，而是专指阴阳二气。在周宣王即位时（约公元前827年），已有了“阳气”的提法；到西周末年，伯阳父以阳气与阴气的运动解释地震的成因，为众所周知（见《国语·周语上》）。《吕氏春秋·古乐》云：“昔古朱襄氏之治天下也，多风而阳气畜积，万物散解，果实不成，故士达作为五弦琴，以来阴气，以定群生。”视“乐”可通天地间的阴阳之气，这是古今对音乐理解不同的重要区别。《国语·周语》论乐甚详，与此相似：“如是而铸之金，磨之石，系之丝木，越之匏竹，节之鼓而行之，以遂八风。于是乎气无滞阴，亦无散阳，阴阳序次，风雨时至，嘉生繁祉，人民和利，物备而乐成，上下不罢，故曰乐正。”声音的传导，被认为是与天地间的阴阳之气直接相通，并能产生影响。有形的阴阳之气产》发生偏盛，也是疾病发生的原因之一。《左传·昭公元年》载医和云：“天有六气，降生五味，发为五色，征为五声，淫生六疾。六气曰阴、阳、风、雨、晦、明也。分为四时，序为五节，过则为灾。阴淫寒疾，阳淫热疾”云云。即是说阴、阳之气的过盛（淫）则致病。但是在以后的思维发展中，阴、阳几乎成为一对抽象的概念，不一定要寻其形质了。
二、医学中阴阳循环、对立的不同表现
“四时之序”类比于政事，形成了《礼记·月令》中所规定的种种相关制度，这是阴阳家学的典型表现。四时之序紊乱，则必发疾疫，“月令”类著作中多有记述，如：
孟春之月：行秋令，则其民大疫；
季夏之月：行春令，国多风咳；
仲冬之月：行春令，民多疥疠；等等。
看起来很像是有关自然界气候异常与发病规律的描述与认识，但实际上所云“行某令”皆是指王政人事而言。因此不论是阴阳家学，还是先秦道家思想，虽然其中蕴含有许多哲学性的思想要素，但其本质皆是政治论的社会哲学。大约在秦汉时期，这些思想要素才逐渐发展成为宇宙论哲学[6]。而在这个过程中，一些被现代人称之为自然科学的知识体系，显然不是完全被动地接受当时社会中普遍知晓的思想观念、理论学说，而是积极地创造、发展宇宙论式的哲学。从而推动了整个社会文化思想的进步。就医学领域而言，可以清楚地看到从秉承阴阳家“四时之序”旨意到注重阴阳对立、平衡观念的演进。
在今本《黄帝内经》中，对于顺应“四时之序”的重要性，有许多详细的说明：
夫四时阴阳者，万物之根本也。所以圣人春夏养阳、秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。逆其根，则伐其本，坏其真矣。故阴阳四时者，万物之终始也，死生之本也。逆之则灾害生，从之则苛疾不起，是谓得道。（《素问·四气调神大论》）
春者，天气始开，地气始泄，冻解冰释，水行经通，故人气在脉。夏者，经满气溢，入孙络受血，皮肤充实。长夏者，经络皆盛，内溢肌中。秋者，天气始收，腠理闭塞，皮肤引急。冬者盖藏，血气在中，内着骨髓，通于五脏。是故邪气者，常随四时之气血而入客也，至其变化，不可为度。（《素问·四时刺逆从论》）
受四时之序、阴阳轮转观念的影响，在针刺疗法、诊脉之法中形成了“四时脉法”和以“四时”为理论依据的针刺方法。如果对于早期的阴阳家学没有一定的了解，则颇难理解这些诊断、治疗方法的立意。例如后世的脉学理论将“浮脉”（取之有余，按之不足）作为病在“表”的征象，而在今本《黄帝内经》中却是作为春季的正常脉象；后世的针灸学根据疾病的症状决定深刺或浅刺，而在当时却主张依季节而定等等[7]。后世的中医学基本扬弃了这类内容，仅仅在养生学方面继承了春生、夏长、秋收、冬藏的思想。
至于阴阳家学“使人拘而多畏”，“牵于禁忌，泥于小数”之弊，当然在医学领域中也有所体现，例如：
正月、二月，天气始方，地气始发，人气在肝；三月、四月，天气正方，地气定发，人气在脾；五月、六月，天气盛，地气高，人气在头；七月、八月，阴气始杀，人气在肺；九月、十月，阴气始冰，地气始闭，人气在心；十一月、十二月，冰复，地气合，人气在肾。
相应地，在针刺方法上自然就会有所规定：
春夏秋冬，各有所刺，法其所在。春刺夏分，脉乱气微，入淫骨髓，病不能愈，令人不嗜食，又且少气；春刺秋分，筋挛逆气，环为咳嗽，病不愈，令人时惊，又且哭；春刺冬分，邪气著藏，令人胀，病不愈，又且欲言语。（《素问·诊要经终论》）
以下还有夏、秋、冬三季的详述，略而不赘。这些规律在针灸治疗学中并无实际意义，因其本质乃属虚构的规律。注家不识阴阳家学，强释之曰：“这一节申述了违反治疗法度，如春刺夏分、夏刺秋分等，不应刺而刺之，非但原来的病没有治愈，反使病势更加深入或恶化了。所以治病必须及于病所，不可太过或不及，恰如分际，是临床上最宜注意的事。”[8]实际上只要结合上一段不同月份“人气所在”的论述，即不难看出“牵于禁忌”的本质。
在今本《黄帝内经》中，阴阳学说的运用逐渐发展成为一种强调对立、平衡的抽象概念。这种阴阳学说实质上已大不同于上述的阴阳家学。在阴阳的概念中既包含有以阴阳二气的融合构成宇宙万物之本体的一面，亦有注重阴阳不同属性特征之“象”学的一面。前者在医学理论中表现为对于生命形成、禀赋厚薄、情志形体特征等的解说；后者则可具体地指导诊断与治疗——阴阳的辨识是“辨证施治”的核心。这类论述在今本《黄帝内经》表现得相当充分，其最高度的概括是：
阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。……阴静阳躁，阳生阴长，阳杀阴藏。阳化气，阴成形。寒极生热，热极生寒。寒气生浊，热气生清。
水为阴，火为阳。阳为气，阴为味。……味厚者为阴，薄为阴之阳；气厚者为阳，薄为阳之阴。……气味辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴。（《素问·阴阳应象大论》）
这样的阴阳学说，其重点已然不再是循环的观念，而是二者的对立属性；其中的两分之法亦不再是特指“四时之序”（时间概念），而是将这种“以量定性”的方法移植到了与药物理论有关的“气”、“味”学说中。总之，阴阳既是最高度的抽象与概括，又以“数之可十，推之可百”以致用，因而成为医学基础理论中最重要的组成部分。
三、医学中的特例：三阴三阳
阴阳之说在古代医学领域中有一种特殊的表现形式，即三分阴阳而成太阴、少阴、厥阴和太阳、少阳、阳明。这六个名词在医学中是极为重要的概念术语：经脉学说的主体即是以此为名——手、足各有三阴、三阳之脉，合为“十二正经”；《素问·热论》在论述外感热病时，亦是以此为名——外感病的进程被划分为太阳、少阳、阳明（在表），太阴、少阴、厥阴（在里）六个阶段。东汉的重要医学著作《伤寒杂病论》即以此为纲，发挥而成，故后人称此为“六经辨证”体系。
三分阴阳，较二分阴阳而成太、少，多出“阳明”与“厥阴”两个名称。而这种分法在中国传统文化的其他领域中基本上是看不到的。所以大约早在汉代就已经有人开始对这一问题予以探讨，《素问·阴阳离合论》开篇的设问即是：“今三阴三阳，不应阴阳，其故何也？”回答则是：“阴阳者，数之可十，推之可百；数之可千，推之可万；万之大，不可胜数，然其要一也。”似乎不属明确的对答，其后则是有关十二经脉的解说。赵洪钧在其自刊本《内经时代》[9]中对以上问题的回答是：“岐伯的答话不讲经脉分布处皆是搪塞，直讲经脉则答非所问。张景岳之医理可谓精深，岂知他也不能正面回答这一问题。《类经·会通类》‘阴阳五行’中抄下这段话，没作任何说明。接着照抄大量经文，毫无心得。《类经附翼·医易义》大讲《易》理，仍说不清三阴三阳。看来回答这个问题实在不容易。”而赵氏认为：“比较可靠的原始三阴三阳说，就是三男三女说。”即《易》传《说卦》中所言：
乾，天也，故称呼父。坤，地也，故称呼母。震一索而得男，故谓之长男。巽一索而得女，故谓之长女。坎再索而得男，故谓之中男。离再索而得女，故谓之中女。艮三索而得男，故谓之长男。巽一索而得女，故谓之长女。
的日人丹波元简论“三阴三阳”时说：
太少阴阳，原是四时之称。……而后世说《易》者，专用此论蓍策之数矣。以阳明、厥阴，合称三阴三阳者，医家之言也。（《医sheng》卷上）
正因“三阴三阳”为医家之言，故历来研究阴阳学说的哲学家、史学家极少谈到这一问题。即或是在传统医学领域内部，亦大多是只能言“三阴三阳”之用，却避而不谈其缘由。
