蒙医同中医、藏医、维吾尔医等共同构成了中国医药学的宝库。蒙医理论体系的形成吸收了藏医及印度医学的部分基本理论和中医学的有关知识，并以朴素的唯物论和辩证思想为指导，经几千年实践逐步形成具有独特见解的民族医学。
蒙医理论包括阴阳五行、三根、七素三秽、脉络、病因、辨证等。蒙医理论认为人体是由三根因素、七素三秽（七素即：食之精华、面、肉、脂、骨、髓、精。三秽即：二便及汗液）等构成。其中三根学说是蒙医理论基础的核心，并贯穿于蒙医理论体系的各个方面。蒙医学认为人体之所以能维持正常的生理活动，主要是体内具有三种能量和基本物质，即：赫（相当于气）、巴达干（相当于土水）、希日（相当于火或胆）。因其为人体生命的本源、根本，故称之为三根。三根理论认为，人体的生命现象是一个综合的、复杂的活动过程，其中三根的有机配合和协调，使整个生命处于有序的代谢状态。人体内脏与内脏之间，内脏与体表组织之间的有机联系，都是三根作用的结果。因此，三根是生命赖以生存的物质基础。
在疾病的发生与发展理论上，蒙医理论认为，三根既是维持人体正常生命活动的基本物质基础，又是导致疾患的内在因素。在正常生理情况下，三根之间互相依存，互相制约，处于相对平衡状态。在内外环境因素发生变化及各种致病因素的影响下，三根的任何一方出现偏盛偏衰，致使三者失去平衡，人就要生病。由于三根的失常，会给人体带来病害，故又可将其称之为“三弊”。这说明，三根的机能不仅表现在正常的生理活动中，也表现在异常的病理变中。因此，三根学说也反映着一种对立统一的辩证观。